Kaggle賽題解析：酶熱穩(wěn)定性預(yù)測

凡是和數(shù)據(jù)相關(guān)的專業(yè)和領(lǐng)域，一定是近幾年全球最炙手可熱的。在沒有基礎(chǔ)和沒有任何項目經(jīng)驗的情況下，如何才能成功升級打怪呢？參加一段超高含金量的kaggle學(xué)術(shù)活動項目一定為你的申請留學(xué)、轉(zhuǎn)專業(yè)、求職和轉(zhuǎn)行加分不少！

今天就帶大家來看看即刻可以報名的一場Kaggle學(xué)術(shù)活動及賽題解析！

比賽名稱：Novozymes Enzyme Stability Prediction

幫助識別酶中的熱穩(wěn)定突變

比賽類型：自然語言處理、生物醫(yī)學(xué)

比賽背景酶是在生物體的化學(xué)反應(yīng)中充當(dāng)催化劑的蛋白質(zhì)。本次比賽的目標(biāo)是預(yù)測酶變體的熱穩(wěn)定性。實(shí)驗測量的熱穩(wěn)定性（熔化溫度）數(shù)據(jù)包括天然序列，以及在天然序列上具有單個或多個突變的工程序列。

了解和準(zhǔn)確預(yù)測蛋白質(zhì)穩(wěn)定性是生物技術(shù)中的一個基本問題。它的應(yīng)用包括酶工程，用于解決世界在可持續(xù)性、碳中和等方面的挑戰(zhàn)。提高酶穩(wěn)定性可以降低成本并提高科學(xué)家迭代概念的速度。語境

許多酶只是勉強(qiáng)穩(wěn)定，這限制了它們在惡劣應(yīng)用條件下的性能。不穩(wěn)定性也會降低細(xì)胞可產(chǎn)生的蛋白質(zhì)量。因此，開發(fā)預(yù)測蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的有效計算方法具有巨大的技術(shù)和科學(xué)意義。

比賽任務(wù)在本次比賽中，Novozymes 邀請您開發(fā)一個模型，根據(jù)實(shí)驗熔解溫度數(shù)據(jù)預(yù)測/排序酶變體的熱穩(wěn)定性，該數(shù)據(jù)來自 Novozymes 的高通量篩選實(shí)驗室。

如果成功，您將幫助解決提高蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的基本問題，使設(shè)計新穎和有用的蛋白質(zhì)（如酶和治療劑）的方法更快、成本更低。

評價指標(biāo)提交的內(nèi)容根據(jù)基本事實(shí)與預(yù)測之間的 Spearman 相關(guān)系數(shù)進(jìn)行評估。

每個 seq_id 代表一種酶的單突變變體。你的任務(wù)是對這些變體的穩(wěn)定性進(jìn)行排名，為更穩(wěn)定的變體分配更高的排名。

數(shù)據(jù)描述在本次比賽中，您被要求開發(fā)可以預(yù)測單點(diǎn)氨基酸突變和缺失后蛋白質(zhì)穩(wěn)定性（通過熔點(diǎn)，tm 測量）排名的模型。

對于訓(xùn)練集，蛋白質(zhì)穩(wěn)定性（實(shí)驗解鏈溫度）數(shù)據(jù)包括自然序列，以及在自然序列上具有單個或多個突變的工程序列。數(shù)據(jù)主要來自不同來源的已發(fā)表研究。

測試集包含超過 2,413 個酶的單突變變體（GenBank：KOC15878.1）的實(shí)驗熔解溫度，由 Novozymes A/S 獲得。

比賽賽程

2022年12月27日：報名截止日期。您必須在此日期之前接受比賽規(guī)則才能參加比賽。

2022年12月27日：團(tuán)隊合并截止日期。這是參與者加入或合并團(tuán)隊的最后一天。

2023年1月3日：最終提交截止日期。

賽題獎金????

1st?Place?-?$?12,000

2nd Place - $ 8,000

3rd Place - $ 5,000

比賽鏈接：https://www.kaggle.com/competitions/novozymes-enzyme-stability-prediction/

解題思路賽題是一個典型的醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)預(yù)測的比賽，任務(wù)可以抽象為回歸任務(wù)。建議可以參考也有學(xué)術(shù)模型。

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